科山寺位于惠安縣城西郊的科山頂峰。始建于北宋元祐年間(1086-1093)后廢。至明景泰年間(1450-1456)又重建，建筑面積700多平方米。 1978年以來不斷復修、重建，范圍擴展到15000多平方米，寺內(nèi)外的園藝、景點大有增辟，面貌為之一新。 1994年，惠籍旅星僑胞楊松年先生捐獻巨資，又新建雙檐歇山式大雄寶殿和三檐亭閣式的大悲殿，巍峨壯觀。

科山曾是眾多名士讀書之地。南宋嘉熙間縣令鄭清子曾建“登科書院”于此處?？粕剿?a href="http://m.menghuatrade.cn/tags-1724.html" class="tooltip-trigger tin" title="查看更多關于 歷史 的文章" target="_blank">歷史悠久，至今尚留有自宋至民國期間的歷代摩崖石刻20多處，多數(shù)集中在寺前層巖上。寺中有清末名士、畫家林淵、黃朝棟撰寫的石刻柱聯(lián)多副和當代全國著名書法家虞愚和梁披云分別書寫的“科山寺”“圓通寶殿”和“大雄寶殿”匾額。一代高僧弘一法師抗日期間曾三次來寺講經(jīng)說法并題有“慧水勝境”四字于寺內(nèi)。報德祠內(nèi)尚有明萬歷名宦、著名地方史家何喬遠撰寫的長篇頌德碑記，均為書法、文章佳作。

科山寺現(xiàn)任住持弘雄法師，于1996年夏恢復了“科山書院”名號；并編纂“科山書院叢書”，收藏和刊印古今鄉(xiāng)賢的文學著作。